随着机房的不断发展，机房建设的一些问题也逐渐显露出来。
1、机房系统建设的投资及运行维护
机房系统的设计方案是否合理、优化、实用，决定了前期投资的经济性。因此，机房的总体方案的确定是很重要的，这取决于设计的理念和技术水平。
建设方一般对机房前期的建设比较慎重，要选择有技术实力的设计单位和技术人员进行机房的设计和施工，以保证机房方案的经济实用和机房的施工质量。
但是，机房的投资，除了设施建设的投资外，还需要考虑到机房运行后的运行费用的投入，这一点往往是在项目规划时被忽视的。机房里除了摆放的计算机、网络设备外，还有许多保证机房环境的设备：如UPS电源设备、空调新风设备、配电设备、安防设备、其它控制设备及弱电设备。
为了保证这些设备日常的使用，需要花费不少的人力和财力，这些费用每天每月都要支出，直接关系到机房后期运行维护费用的投入，而且机房的运行管理是否科学、严格，又直接影响到设备的使用寿命，好的机房管理可以延长这些设备的使用寿命，从而影响到投资的使用周期和回报。这在工程实例中比比皆是，有的单位运行维护好，费用低，使用年限长，有的单位运行维护差，费用投入高，使用年限短。
2、机房顶面防水的重要性
现在机房里摆放着大量的精密、贵重的计算机、网络设备等。一般的信息中心里的设备价值都在几百万元或几千万元，有的甚至几亿元，一旦有漏水事故发生，就会给用户造成设备损坏和信息丢失，带来很大、甚至无可挽回的经济损失。
机房的防水往往只注重远离水源和机房内的有水设备的防水，却忽略了机房所在楼层上部区域的防水。因此，在计算机房系统工程的选址时，要求机房要远离水源，同时，在机房的总体设计时，要考虑到机房顶面的防水问题。
现在的办公大楼内都有消防报警灭火系统，在规范中对机房的消防灭火系统要求灭火剂采用气体灭火剂，就是为机房的防水要求考虑的。
机房选址一般在大楼的中间层，而大楼机房外的楼层和房间一般都为水喷淋灭火，机房上部楼层的水喷淋灭火系统对机房的安全留下很大的隐患，一旦有火情发生，水喷淋系统启动，水就会渗漏到机房内，威胁机房的安全。因此，在机房的选址时要充分考虑防水的安全问题，同时，在机房顶面的楼层相应的地面要作好防水处理。
3、机房建设概念上存在各种问题
有人将机房建设归结为机房装修工程，认为机房建设就是装修工程;也有人将机房建设归属到大楼弱电工程的一个分支专业。
这些问题的存在导致无法抓住机房建设的重点，而将机房建设引人误区。机房工程是多专业、多学科、技术含量高的综合工程，在智能建筑工程中处于核心的位置。
因此，必须明确机房工程的重要性才能做好机房建设。
4、机房各系统的均衡问题
机房工程是一个系统工程，是由多个系统协同工作来实现的。但有的用户无限制地抬高某一系统的可靠性，而忽视了机房整体性能的平衡问题，最终导致机房因其他系统的薄弱而出现问题，导致影响机房系统的稳定运行。
所以不能过分强调某一系统的可靠性，而无限度地抬高整个机房建设的费用。
5、机房的通用性问题
在机房规划初期，计算机及其他设备还没有确定，如果不认真作好用户需求分析，只根据经验进行组建，那么所进行的规划设计往往带有一定的盲目性，无法针对功能需求、设备数量进行相关设计，容易造成难以弥补的缺憾。
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